排污單位申請國家排污許可證在國家排污許可證管理信息平臺(公眾端網址：http://permit.mep.gov.cn)上填報并提交相關申請材料，排污單位申請排污許可證，在東莞環保公眾網(網址：http://dgepb.dg.gov.cn/)網上辦事，根據申請事項(排污許可證核發、排放污染物許可證換證、排污許可證變更;排污許可證注銷)進行在線申報，并提交相關申請材料。

根據環保部印發的《固定汚染源排污許可分類管理名錄(2017)》(簡稱“名錄”)的要求，2017年率先對火電、鋼鐵、有色金屬冶煉、焦化、石油煉制、化工、原料藥、農藥、氮肥、造紙、紡織印染、制革、電鍍、平板玻璃、農副產品加工15個行業核發排污許可證，其中造紙和火電兩個行業的企業要求在2017年6月底前取得排污許可證，其他13個行業在2017年下半年全面開展。

到2020年，《名錄》中規定的應當取得排污許可證的排污單位必須持證排污。